Župa Brajkovići osnovana je 1879. godine odvajanjem od župe Guča Gora. Od te se godine vode župne matice.
Brajkovići su prije osamostaljenja bili znatno udaljeni od središta župe u Gučoj Gori, a pogotovu nakon njegova prijenosa u Dolac 1827. godine. Sredinom 19. stoljeća u cijelom području sadašnje župe Brajkovići postojala je samo jedna kapela i to u Čuklama, posvećena Sv. Mihovilu Arkanđelu. Do gradnje crkve proći će puno vremena i nakon osnutka župe. Župniku novouspostavljene župe bilo je tada najvažnije podići kakav-takav župni stan. U tu je svrhu prilagodio jednu staru seosku kuću.
Gradnja crkve započela je 1895. godine, a kao arhitektonski uzor poslužila je Vancašova crkva na Stupu kod Sarajeva. God. 1897. crkva je dovedena do pod krov. Sljedeće dvije godine radilo se na unutrašnjem uređenju i pripremama za podizanje zvonika. Predviđeni radovi dovršeni su 1899. god. U crkvi je kasnije podignut glavni oltar.
Crkva je, nakon što joj je izgrađen zvonik, ostala nepromijenjenog izgleda sve do novijeg vremena. Obnavljana je šezdesetih godina. Temeljita obnova uslijedila je, međutim, od 1977. i nastavljena u osamdesetim godinama. Unutarnje uređenje crkve izvođeno je po projektu kipara Mirka Ostoje. On je izradio u poliesteru središnji križ, te kipove Sv. Petra i Pavla, dok je križni put (ulje na platnu) naslikao V. Blažanović. Sredinom pedesetih godina G. Jurkić je za crkvu izradio sliku Sv. Petra i Pavla, koja je u novije vrijeme prenesena u župnu kuću. U zadnjem ratu oštećen je toranj, krov i fasada crkve. Oštećenja su nakon rata sanirana.
Na području župe postoji podružna crkva u mjestu Čukle, koja je renovirana 1972. god. U njoj se nalazi slika Sv. Mihovila Arkanđela, što ju je naslikao V. Blažanović god. 1987. U nedavnom ratu pretrpjela je teška oštećenja. Zadnjih godina ponovno je obnovljena. Na šest od osam grobalja u župi nalazi se po jedna kapelica.
U novije vrijeme - osamdesetih godina - izgrađen je župni dom, koji ima dvije moderne dvorane i druge popratne prostorije. Župna kuća, podignuta 1962-65, gotovo je posve porušena i na njezinim temeljima izgrađena nova 1988-90. godine. U zadnjem ratu u kući su bili smješteni vojnici Armije BiH koji su prilikom napuštanja kuću potpuno opljačkali. U tako devastiranu i opljačkanu kuću vratio se župnik u lipnju 1998. godine. Odmah je započeo s njezinom obnovom.
Župa Brajkovići je god. 1895. imala 1.312 vjernika, 1931. god 1.776., a 1991. oko 5.000 vjernika (1974: 4.250). U posljednjem ratu župljani su protjerani a nakon rata mali broj ih se vratio u svoje prijeratne domove. Danas župa ima oko 700 vjernika.
Župu tvore naselja: Brajkovići, Dolac Bila, Čukle, Grahovčići, Konjevići, Miletići, Mišonica, Novo Selo, Orašac, Podovi i Šušanj.